Ustalenie, że czynność naliczenia przez Spółkę premii dla członków zarządu była w tym zakresie czynnością pozorną, zmierzającą nie do dodatkowego wynagrodzenia zatrudnionych w Spółce osób, lecz do umożliwienia im spłaty zaciągniętych wobec Spółki zobowiązań z tytułu nierozliczonych zaliczek, prowadzić musi w konsekwencji do wniosku, że wynikający z naliczenia premii wydatek nie został w żadnej mierze poniesiony w celu osiągnięcia przez nią przychodu, a zatem nie podlegał zaliczeniu do kosztów jego uzyskania stosownie do powołanego w zaskarżonej decyzji przepisu art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /t.j. Dz.U. 2000 nr 54 poz. 654 ze zm./. Istotną w takiej ocenie charakteru tego wydatku jest też okoliczność, iż do jego poniesienia doszło w następstwie czynności nieuprawnionego do tego organu zarządzającego Spółki, przy jednoczesnym braku w tym zakresie stosownej uchwały podjętej przez jej organ stanowiący lub nadzorczy.
Inspektor kontroli skarbowej decyzją z dnia 9 marca 2001 r. określił podatnikowi - Spółce z ograniczoną odpowiedzialnością "(...) wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. na kwotę 1.059.011 zł oraz wysokość zaległości podatkowej w tymże podatku na kwotę 178.554 zł. "W uzasadnieniu decyzji wskazano m.in., iż spółka "(...) zawyżyła koszty uzyskania przychodów o kwotę 508.100,10 zł na skutek bezpodstawnego zaliczenia do nich wydatku związanego z ustaleniem premii dla członków zarządu.(...)."
"(...) W toku kontroli stwierdzono też, iż kontrolowana Spółka w ciągu roku 1999 dokonywała do rąk członków zarządu /udziałowców/ wypłat zaliczek na podstawie składanych przez nich wniosków, w których zaznaczano, iż otrzymane zaliczki zostaną przeznaczone na zakup materiałów oraz że biorący Zaliczki upoważniają Spółkę do potrącenia kwoty nierozliczonej zaliczki z najbliższej wypłaty wynagrodzenia za pracę (...)".
"(...) Wynika dalej z uzasadnienia omawianej decyzji organu pierwszej instancji, iż podczas kontroli skarbowej stwierdzono, że we wrześniu 1999 r. w Spółce wypłacone zostały premie dla członków jej Zarządu w wysokości 500.000 zł na podstawie listy płac (...) z dnia 30.09.1999 r., zatwierdzonej do wypłaty przez Zdzisława T. jako Prezesa Zarządu. Z kolei dopiero w dniu 25.11.1999 r. podjęta została przez Zgromadzenie Wspólników uchwała (...), w której postanowiono, że decyzję o wysokości premii podejmował będzie każdorazowo Prezes Zarządu w stosunku do dyrektora ds. technicznych oraz członka zarządu, natomiast w stosunku do Prezesa Zarządu decyzję w sprawie wysokości premii podejmować będzie Rada Nadzorcza (...)".
Inspektor kontroli Skarbowej podkreślił ponadto, iż premia dla dwóch członków zarządu "(...) nie została im wypłacona, lecz zarachowana w całości na spłatę pobranych wcześniej zaliczek na zakup materiałów i do tej pory nierozliczonych (...)".
W konsekwencji inspektor kontroli skarbowej podkreślił, "(...) iż podjęcie uchwał przez organy Spółki w sprawie premii dla członków jej Zarządu w terminie późniejszym aniżeli sporządzenie, zatwierdzenie wypłata i zarachowanie naliczonej premii miało na celu zaliczenie tej premii w koszty uzyskania przychodów roku 1999 w celu obejścia przepisów ustawy i że tym samym czynność ta jako sprzeczna z prawem nie wywołuje skutków na gruncie prawa podatkowego, co oznacza, iż naliczona premia nie stanowi kosztu uzyskania przychodu stosownie do przepisu art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, poniesienie jej nie nastąpiło bowiem w celu osiągnięcia przez Spółkę przychodu, skoro nie został wykazany bezpośredni związek między poniesieniem tego wydatku a osiąganymi lub możliwymi do osiągnięcia przychodami (...)".
Organ odwoławczy utrzymując zaskarżoną decyzję w mocy stwierdził m.in. "(...) że sporządzenie listy płac, jej zatwierdzenie, przerachowanie naliczonej premii na spłatę pobranych uprzednio zaliczek, a także zarachowanie premii do kosztów działalności Spółki dokonane zostało jeszcze przed podjęciem przez właściwe jej organy stosownych uchwał w tym zakresie. Takie postępowanie nosi, wedle oceny tego organu, znamiona pozorności i nie może mieć wpływu na wielkość kosztów uzyskania przychodów (...)". "(...) Tymczasem w świetle wskazanych ustaleń kontroli skarbowej nie można dostrzec jakiegokolwiek związku przyczynowo-skutkowego pomiędzy kwestionowanym wydatkiem a możliwością uzyskania przez Spółkę przychodu. Zaliczenie tego wydatku przez podatnika do kosztów uzyskania przychodów roku 1999 stanowiło bowiem konsekwencję pomniejszenia zobowiązań członków zarządu wobec Spółki (...)".
Na powyższa decyzję strona złożyła skargę do NSA.
Naczelny Sąd Administracyjny oddalając skargę stwierdził m.in.:
"(...) Jak wynika z uzasadnienia zaskarżonej decyzji, do zakwestionowania przez organy obu instancji dokonanego przez podatnika zaliczenia w poczet kosztów uzyskania przychodu wydatków związanych z podjęciem w dniu 30.09.1999 r. przez Prezesa Zarządu Spółki decyzji o wypłacie członkom tego Zarządu premii w wysokości 500.000 zł na podstawie listy płac (...) doszło w następstwie ustalenia, iż podjęcie decyzji o naliczeniu tej premii nastąpiło w celu dokonania rozliczenia pobranych wcześniej przez członków zarządu zaliczek na koszty zakupu materiałów, które to zaliczki nie zostały przez nich w pełni rozliczone. Ustalenie w tych warunkach, że czynność naliczenia przez Spółkę premii dla członków zarządu była w tym zakresie czynnością pozorną, zmierzającą nie do dodatkowego wynagrodzenia zatrudnionych w Spółce osób, lecz do umożliwienia im spłaty zaciągniętych wobec Spółki zobowiązań z tytułu nierozliczonych zaliczek, prowadzić musi w konsekwencji do wniosku, że wynikający z naliczenia premii wydatek nie został w żadnej mierze poniesiony w celu osiągnięcia przez nią przychodu (...)".