Wyrokiem z 19 lipca 2017 r. o sygn. akt II GSK 3905/16 Naczelny Sąd Administracyjny, po rozpoznaniu skargi kasacyjnej Spółki, uchylił wyrok sądu pierwszej instancji z 21 marca 2017 r. oraz uchylił zaskarżoną decyzję i utrzymaną nią w mocy decyzję Ministra Gospodarki z [...] maja 2015 r. Naczelny Sąd Administracyjny podzielił pogląd Spółki co do tego, że przepis art. 11 ust. 9 u.s.d.g. znajduje zastosowanie w sprawach przedsiębiorców rozstrzyganych na podstawie przepisów u.s.s.e., co znajduje wyraz w orzecznictwie sądów administracyjnych. Niemniej jednak fikcja pozytywnego rozstrzygnięcia wniosku przedsiębiorcy dotyczy tylko terminu załatwienia sprawy (rozpoznania tego wniosku) przez organ pierwszej instancji. Oznacza to, że instytucja ta w ogóle nie ma zastosowania w przypadku wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy, o jakim mowa w art. 127 § 3 ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (tekst jedn. Dz.U. z 2013 r. poz. 267; dalej cyt. jako: k.p.a.), bo nie o taki wniosek tu chodzi. Przepis art. 11 ust. 9 u.s.d.g. odnosi się jedynie do wniosku strony inicjującego postępowanie. Trudno byłoby bowiem uznać, że organ odwoławczy rozstrzygnął wniosek strony na skutek uchybienia terminu na ponowne rozpatrzenie sprawy, skoro w obrocie prawnym znajduje się już decyzja pierwszej instancji rozstrzygająca ten wniosek.
NSA zakwestionował też wniosek sądu pierwszej instancji, że zwiększenie stopnia wykorzystania limitu pomocy poprzez rozłożenie go w czasie musi skutkować bezpośrednio zwiększeniem pomocy. Zdaniem NSA wykorzystanie limitu zależy od szeregu okoliczności np. czy spółka osiąga dochód czy stratę, a tego nie można założyć a priori. NSA potwierdził, że zgodnie z art. 19 ust. 4 pkt 2 u.s.s.e. przyznana wysokość pomocy publicznej rzeczywiście nie może ulec zwiększeniu, ale jednocześnie wskazał, że na to zwiększenie nie wpłynie zmiana okresu obowiązywania zezwolenia. Naczelny Sąd Administracyjny zgodził się zatem ze stanowiskiem Spółki, że jej wniosek z 2 kwietnia 2015 r. miał w istocie charakter porządkujący i formalnie potwierdzający zaistniały stan faktyczny, a jego celem nie było uzyskanie pomocy publicznej w większym wymiarze niż ten już przyznany, a jedynie usystematyzowanie zasad korzystania z pomocy publicznej na podstawie zezwolenia nr [...] z [...] czerwca 1999 r.
Ponownie rozpoznając sprawę z wniosku Spółki, decyzją z [...] maja 2018 r. Minister Przedsiębiorczości i Technologii (minister właściwy do spraw gospodarki), działając w pierwszej instancji i będąc związanym, na podstawie art. 153 p.p.s.a. w zw. z art. 193 p.p.s.a., oceną prawną wyrażoną w wyroku NSA z 19 lipca 2017 r. odmówił Spółce zmiany ww. zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie [...] Specjalnej Strefy Ekonomicznej. Organ wskazał, że zezwolenie nr [...] zostało wydane pod rządami ustawy u.s.s.e., w brzmieniu obowiązującym do końca 2000 r., w której art. 16 ust. 9 przewidywał, że zezwolenia udziela się na czas oznaczony. Wprawdzie ustawa zmieniająca z 2000 r., która weszła w życie 1 stycznia 2001 r., wprowadziła w tym względzie zmianę i uchyliła obowiązek wpisywania do zezwolenia terminu jego ważności, ale zmiana ta, podobnie jak zmiany ustawy w kolejnych latach, nie mogą być brane pod uwagę przy ocenie, czy spełnione zostały przesłanki zmiany zezwolenia. Na dzień jego wydania, tj. [...] czerwca 1999 r., istniała podstawa prawna zobowiązująca do wskazania w zezwoleniu terminu jego obowiązywania. Zgodnie z załącznikiem nr 4 Traktatu akcesyjnego pomoc dla dużych przedsiębiorców może być udzielana w formie zwolnienia podatkowego nie dłużej niż do 31 grudnia 2017r.