Analiza treści decyzji wydanych w ponownie prowadzonym przez organ postępowaniu prowadzi do wniosku, na co trafnie zwrócił uwagę sąd pierwszej instancji, że niezgodne z prawem było ponowne rozstrzygnięcie przez organ o niedopuszczalności dokonania zmiany przedmiotowej decyzji (zezwolenia) w zakresie terminu końcowego udzielonego Spółce zezwolenia z powołaniem się na treść przepisów Unii Europejskiej. Te ponowne rozstrzygnięcia Ministra zasadnie zostały uznane przez sąd pierwszej instancji za naruszające przewidziane w art. 153 p.p.s.a. związanie oceną prawną i wskazaniami co do dalszego toku postępowania wynikającymi z poprzedniego wyroku NSA. Trafnie wskazał sąd pierwszej instancji, że organ nie uzasadnił z jakiego powodu - ponownie rozpoznając sprawę z wniosku skarżącej spółki o zmianę udzielonego zezwolenia - odstąpił od oceny prawnej i wskazań zawartych w wyroku NSA z 19 lipca 2017 r. i wyszedł ponad nie. Zdaniem NSA zasadnie uznał sąd pierwszej instancji, że do takiego działania organu nie było w tej sprawie żadnych podstaw. Od wydania wyroku przez NSA nie uległ bowiem zmianie stan faktyczny ani stan prawny sprawy. Nie było zatem podstaw do tego, by organ w ponownie prowadzonym postępowaniu postąpił wbrew wytycznym zawartym w poprzednim wyroku NSA z 19 lipca 2017 r. i dokonał analizy przepisów unijnych dotychczas przez siebie wyraźnie nieeksponowanych ale obowiązujących już w dacie wcześniejszego orzeczenia, dochodząc do konkluzji odmiennych od tych, jakie wynikały z poprzedniego wyroku NSA. Takie działanie organu stanowi niedopuszczalną polemikę merytoryczną ze stanowiskiem NSA, co w świetle obowiązującego związania prawomocnym wyrokiem sądu jest niedopuszczalne.
Za niezasadny uznać zatem należy podniesiony w pkt II petitum skargi kasacyjnej zarzut naruszenia art. 153 p.p.s.a. w zw. z art. 193 p.p.s.a. oraz powiązany z nim zarzut naruszenia art. 145 § 1 ust. 1 lit. c/ p.p.s.a.
W tym stanie rzeczy nie mogły przynieść oczekiwanego przez skarżącego kasacyjnie skutku również wszystkie podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia prawa materialnego (punkty I.1, I.2 i I.3 petitum skargi kasacyjnej). Sąd pierwszej instancji uznając, że w tej sprawie doszło do naruszenia wynikającej z art. 153 p.p.s.a. zasady związania, nie rozstrzygał w zaskarżonym wyroku kwestii merytorycznych.
Nie może więc zostać uwzględniony sformułowany wobec sądu zarzut naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 1 ust. 2 Traktatu akcesyjnego w zw. z art. 22 Aktu przystąpienia w zw. z pkt 1 lit. b) Rozdziału 3 Załącznika IV do 22 Aktu Przystąpienia w zw. z art. 19 ust. 4 pkt 2 u.s.s.e., skoro sąd tych przepisów nie stosował, nie analizował bowiem ponownie prawnej dopuszczalności wnioskowanej przez Spółkę zmiany decyzji, będąc związany oceną prawną tej kwestii wyrażoną we wcześniejszym wyroku NSA. Na wadliwość konstrukcyjną tego zarzutu zasadnie zresztą zwraca uwagę Spółka w odpowiedzi na skargę kasacyjną.
Oczekiwanego przez skarżącego kasacyjnie skutku nie mogły też przynieść pozostałe dwa podniesione w skardze kasacyjnej zarzuty naruszenia prawa materialnego, tj. naruszenia art. 11 ust. 9 u.s.d.g. w zw. z art. 1 u.s.d.g. oraz art. 2 ust. 3 Dyrektywy 2006/123/WE. Skarżący kasacyjnie kwestionuje możliwość zastosowania przepisu art. 11 ust. 9 u.s.d.g. w tej sprawie, gdyż uznaje ją za prowadzoną w nadzwyczajnym trybie weryfikacji ostatecznej decyzji administracyjnej, a także z uwagi na art. 2 ust. 3 dyrektywy 2006/123/WE wyłączający możliwość zastosowania art. 11 ust. 9 u.s.d.g. w dziedzinie podatków.