Przepis art. 246 §2 Kodeksu celnego jednoznacznie wskazuje, że zwracane są należności celne, których kwota nie była prawnie należna. Stąd a contrario należy wnioskować, że z zakresu zastosowania wskazanego przepisu wyłączone są jedynie te kwoty należności celnych, które są prawnie należne. Przed ostatecznym (prawomocnym) zakończeniem postępowania w sprawie prawidłowości zgłoszenia celnego nie sposób twierdzić, że uiszczone kwoty należności celnych są prawnie należne. Domniemanie prawidłowości decyzji nie jest okolicznością wystarczającą do stwierdzenia, że należności celne są prawnie należne.
Jednocześnie należy rozróżnić sytuacje, które należy kwalifikować, jako "okoliczności uzasadniające zwrot", od sytuacji (stanu prawnego) należności celnych prawnie nienależnych. Ten ostatni stan realizuje się z chwilą powstania tytułu prawnego przesądzającego, że należności celne były prawnie nienależne. Wcześniej mamy stan niepewności co do tego, czy należności celne są prawnie należne, a zatem sytuację uzasadniającą ich zwrot.
Podsumowując z "okolicznościami uzasadniającymi zwrot" mamy do czynienia w szczególności wówczas, gdy dłużnik składa odwołanie od decyzji określającej dług celny, czy też decyzję o utrzymaniu takiego rozstrzygnięcia skarży do sądu administracyjnego.
Dnia 18 maja 2011 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Maria Lorych - Olszanowska Sędziowie WSA Barbara Koś WSA Mirella Ławniczak (spr.) Protokolant: stażysta Anna Zys-Ruszkowska po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 18 maja 2011 roku przy udziale sprawy ze skargi "A" Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w [...] na decyzję Dyrektora Izby Celnej [...] z dnia [...] grudnia 2010 roku nr [...] w przedmiocie odmowy zwrotu należności celnych I. uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Dyrektora Izby Celnej w [...] z dnia [...] sierpnia 2010 r. nr [...]; II. zasądza od Dyrektora Izby Celnej w [...] na rzecz skarżącej Spółki kwotę 12.487 zł (dwanaście tysięcy czterysta osiemdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania; III. stwierdza, że zaskarżona decyzja nie podlega wykonaniu
Decyzją z dnia [...] grudnia 2000 roku, która została zmieniona decyzją z dnia [...] marca 2001 roku, Dyrektor Urzędu Celnego w [...] uznał zgłoszenia celne złożone przez "A" Sp. z o.o. za nieprawidłowe w części dotyczącej klasyfikacji towarowej i stawki celnej. W konsekwencji określił kwotę długu celnego od towarów zaimportowanych na podstawie 133 zgłoszeń celnych na łączną kwotę 4.045.094zł.
Decyzja, w której treści zawarto informację o zarejestrowaniu kwoty długu celnego oraz wezwanie do jej zapłaty wraz z odsetkami (1.553.130,26zł), została doręczona adresatowi w dniu 02 stycznia 2001 roku. Decyzja o zmianie decyzji z dnia [...] grudnia 2000 roku, została doręczona w dniu 15 marca 2001 roku.
Pismem z dnia 16 stycznia 2001 roku Strona złożyła odwołanie wnosząc o uchylenie powyższej decyzji w całości i wskazując, że klasyfikacja zaimportowanych towaru była prawidłowa. Po otrzymaniu decyzji o zmianie decyzji z dnia [...] grudnia 2000 roku Spółka wniosła odwołanie pismem z dnia 29 marca 2001 roku.
Rozpoznając oba odwołania łącznie organ II instancji uchylił zaskarżoną decyzje w części dotyczącej odsetek i w pozostałym zakresie decyzje utrzymał w mocy.
Naczelny Sądu Administracyjny w Ośrodek Zamiejscowy w Poznaniu wyrokiem z dnia 08 kwietnia 2003 roku (sygn. akt I SA/Po 3037/01) uchylił zaskarżoną decyzję.
Po ponownym rozpoznaniu odwołania, decyzją z dnia [...] maja 2010 roku, Dyrektor Izby Celnej w [...] uchylił zaskarżoną decyzję w całości i uznał wszystkie zgłoszenia celne (133 sztuki) za prawidłowe w zakresie klasyfikacji towarowej, stawki celnej oraz określenia kwoty długu celnego.
"A" Sp. z o.o., reprezentowana przez radcę prawnego w osobie M. K., pismem z dnia 16 czerwca 2010 roku wystąpiła o wydanie decyzji o zwrocie należności celnych przywozowych wraz z odsetkami od zwracanych należności celnych.
Dyrektor Izby Celnej w [...], decyzją z dnia [...] sierpnia 2010 roku, na podstawie art. 207 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (tj. Dz. U. Nr 8 z 2005 r., poz. 60 z późniejszymi zmianami) w związku z art. 246 oraz art. 262 ustawy z dnia 09 stycznia 1997 r. Kodeks celny (tekst jednolity: Dz. U. Nr 75 z 2001 r., poz. 802 ze zm.), art. 26 ustawy z dnia 19 marca 2004 r. - Przepisy wprowadzające ustawę - Prawo celne (Dz. U. Nr 68, poz. 623 ze zm.) odmówił zwrotu należności celnych.
W uzasadnieniu decyzji wyjaśnił, że w niniejszej sprawie mają zastosowanie przepisy obowiązujące w dniu przyjęcia przedmiotowego zgłoszenia celnego, co wynika z art. 26 ustawy z dnia 19 marca 2004 r. Przepisy wprowadzające ustawę - Prawo celne, który stanowi iż "Przepisy dotychczasowe stosuje się do spraw dotyczących długu celnego, jeżeli dług celny powstał przed dniem uzyskania przez Rzeczpospolitą Polską członkostwa w Unii Europejskiej". W tym zakresie zgodnie z art. 262 Kodeksu celnego do postępowań w sprawach celnych stosuje się przepisy działu IV ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. - Ordynacja podatkowa z uwzględnieniem zmian wynikających z przepisów prawa celnego. Postępowanie przed organami celnymi jest poddane przepisom procedury administracyjnej zawartej w Ordynacji podatkowej, co oznacza, że kończy się ono rozstrzygnięciami znajdującymi podstawę materialnoprawną w przepisach ustawy - Kodeks celny. Warunki i zasady dokonywania zwrotu cła określone zostały w Dziale V Tytuł VII Kodeksu celnego. Z postanowień tych wynika, iż zwrot cła może nastąpić w wyniku zaistnienia okoliczności, o których mowa w art. 246, art. 247, art. 248 lub innych wypadków określonych przez Radę Ministrów na podstawie delegacji zawartej w art. 252 § 1 Kodeksu celnego.