Z istoty zezwolenia z art. 124 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami /Dz.U. 2000 nr 46 poz. 543/ wynika, że może być ono wydane przed rozpoczęciem na danej, ściśle określonej nieruchomości konkretnego procesu inwestycyjnego. Obowiązkiem organów administracji jest więc ustalenie tych faktów. Wydanie decyzji ograniczającej sposób korzystania z nieruchomości przez właściciela, przez wydanie zezwolenia z art. 124 ust. 1 ustawy o gospodarce gruntami już po rozpoczęciu robót budowlanych, a tym bardziej po ich zakończeniu, jest bowiem niedopuszczalne.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 18 marca 2005 r. na rozprawie w Izbie Ogólnoadministracyjnej skargi kasacyjnej Spółki Akcyjnej System Gazociągów Tranzytowych E. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 20 maja 2004 r., II SA/Gd 753/02, w sprawie ze skargi Tomasza i Andrzeja S. na decyzję Wojewody K. z dnia 8 marca 2002 r. w przedmiocie zezwolenia na zajęcie nieruchomości - oddala skargę kasacyjną.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku wyrokiem z dnia 20 maja 2004 r., II SA/Gd 753/02, uchylił decyzję Wojewody K. z dnia 8 marca 2002 r. w przedmiocie zezwolenia na zajęcie nieruchomości. W obszernym uzasadnieniu wyroku Sąd powołał się na następujący stan sprawy. Decyzją z dnia 19 listopada 2001 r. Starosta L. na podstawie art. 105 par. 1 Kpa umorzył postępowanie prowadzone z wniosku Systemu Gazociągów Tranzytowych E. S.A. w W. dotyczącego ograniczenia sposobu korzystania z części nieruchomości o łącznej powierzchni 0,3924 ha będącej własnością Andrzeja S. i Tomasza S., stanowiącej działkę nr 86/3 położoną w K. R. gm. T., poprzez udzielenie wnioskodawcy zezwolenia na przeprowadzenie na tej nieruchomości kabla światłowodowego mającego służyć do sterowania przepływem gazu w gazociągu tranzytowym "Jamał - Europa Zachodnia" oraz na wykonanie rekultywacji gruntów po zakończeniu prac na tej nieruchomości. W uzasadnieniu decyzji wskazano, że wnioskodawca zawarł z Janiną i Edwardem S. umowę cywilnoprawną. Jednak Janina i Edward S. przekazali własność nieruchomości na rzecz synów Andrzeja i Tomasza S. Budowa gazociągu na nieruchomości została zakończona, natomiast nie przeprowadzono kabla światłowodowego oraz nie wykonano rekultywacji terenu budowy. Stwierdzono także, że inwestor prowadził z nowymi właścicielami korespondencję w sprawie wykonania postanowień umowy zawartej przez ich rodziców, jak też próbował podpisać z nimi stosowną umowę, ale do tego nie doszło i grunt nie został udostępniony do zakończenia prac. Zdaniem organu, strony wiąże nadal umowa cywilnoprawna, ponieważ nowi właściciele nieruchomości nabyli wszystkie prawa i zobowiązania związane z nieruchomością. Zezwolenie na zakładanie i przeprowadzanie na cudzej nieruchomości przewodów i urządzeń na podstawie art. 124 ustawy o gospodarce nieruchomościami jest instytucją służącą rozstrzygnięciu konfliktu między właścicielem nieruchomości a inwestorem. Zezwolenie to nie powinno służyć legalizacji faktów dokonanych. Inwestor winien o nie wystąpić, jeżeli właściciel nie wyraża zgody na zakładanie i przeprowadzanie przewodów i urządzeń, po tym jak staje się ostateczna decyzja o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu, a przed wystąpieniem o wydanie pozwolenia na budowę, aby wykazać swe prawo do dysponowania terenem na cel danej inwestycji liniowej. Zawarcie umowy o udostępnianie gruntu czyni więc z zasady niedopuszczalnym wydanie zezwolenia. Roszczenia inwestora, a także właściciela nieruchomości, wynikające z umowy i objęcia nieruchomości przez inwestora we władanie, winny być rozpatrywane przez sąd właściwy w sprawach cywilnych. Wszelkie wątpliwości co do dopuszczalności drogi sądowej należy rozstrzygać z korzyścią dla drogi procesu cywilnego, odrzucając wykładnię, zgodnie z którą do rozpoznawania sprawy z natury swej cywilnej miałby być właściwy organ administracji publicznej. Jeżeli między inwestorem a właścicielem nieruchomości została zawarta umowa, mocą której właściciel wyraził zgodę na wykonanie prac określonych w art. 124 ustawy o gospodarce nieruchomościami i udostępnienie w tym celu nieruchomości, to sprawa o wydanie na czas prowadzenia niezbędnych prac nieruchomości inwestorowi należy do drogi sądowej i starosta nie ma prawnej możliwości wydania w tym zakresie decyzji.