Organa celne mogą oceniać prawidłowość wskazanej przez importera wartości celnej towaru, a w efekcie także ją obniżać. Dzieje się tak np. wtedy, gdy już po złożeniu zgłoszenia celnego, zagraniczny dostawca udziela polskiemu odbiorcy rabatów.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "A.P." Spółka z o.o. na decyzję Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia 22.11.2002 r. (...) w przedmiocie zgłoszenia celnego za nieprawidłowe - oddala skargę.
Spółka farmaceutyczna sprowadzała z zagranicy leki podając w zgłoszeniu celnym ich wartość celną bez uwzględnienia uzyskanych od zagranicznego sprzedawcy rabatów. Twierdziła bowiem, że w chwili dokonywania zgłoszenia nie znała ich wysokości, a co więcej, w ogóle nie mogła być pewna, że rabat otrzyma. Wiązało się to bowiem z koniecznością spełnienia dodatkowych warunków.
Służby celne nie zgodziły się z tym twierdząc, że spółka zawarła z firmą angielską umowę dystrybucji, z której wynikało, iż zniżki cenowe będą miały charakter stały a jedynym warunkiem ich uzyskania jest terminowe realizowanie płatności. Terminy te zaś były na tyle długie, że w normalnej działalności gospodarczej zawsze mogły być dotrzymane. Warunek przestał więc mieć istotne znaczenie.
W efekcie dyrektor urzędu celnego obniżył wartość sprowadzonych farmaceutyków. Izba celna uznała jego decyzję za słuszną, więc spółka skierowała skargę do NSA. Zaznaczyła w niej, że służby celne działały niemalże pod dyktando Prezesa GUC i Ministra Finansów.
Ten pierwszy 28 września 2001 r. wydał pismo, które potraktowały jako zalecenie kontroli. Jednocześnie narzucało ono niejako wnioski kontroli przedstawiając mechanizm rzekomego uzyskiwania przez firmy farmaceutyczne niezależnej prowizji, pod którą kryją się sporne rabaty nie uwzględnione w deklaracji celnej. Stąd, zdaniem spółki, stwierdzenie w decyzji, że jej działania prowadziły do obejścia prawa.
Z tym zarzutem importer się nie zgodził twierdząc, że składając zgłoszenie celne działał według swojej najlepszej wiedzy na ten dzień. Podkreślił też, że organ w sposób zupełnie bezzasadny utożsamia umowy o ewentualne przyszłe rabaty z ich faktycznym udzieleniem. Natomiast zdaniem izby celnej importer działający w sposób profesjonalny powinien wiedzieć o ciążącym na nim obowiązku zmiany deklaracji w sytuacji gdy wartość celna towaru się zmniejszyła. Tak samo powinien zdawać sobie sprawę, że może być skontrolowany w ciągu 3 lat od złożenia zgłoszenia celnego. Izba odpierała także zarzut o tendencyjność postępowania zgodnie z sugestią organu nadrzędnego. Zaznaczyła, że pismo prezesa GUC nie było skierowane w spornej sprawie ale miało charakter ogólny, absolutnie dopuszczalny w relacjach między podrzędnym i nadrzędnym organem administracji.
NSA oddalił skargę spółki. Stwierdził, że pisma Prezesa GUC i Ministra Finansów nie spowodowały naruszenia zasady dwuinstancyjności. Były to jedynie wskazówki, że należy przeprowadzać kontrole w firmach farmaceutycznych. Natomiast organa celne miały swobodę przy formułowaniu wniosków kontrolnych.
Sąd zaznaczył też, że oparcie się przez celników na dokumencie celnym zgłoszonym przez importera nie jest ostateczne. Mają oni bowiem 3 lata na ich weryfikację. Jest to sytuacja zbliżona do znanej prawu podatkowemu zasady samoobliczenia. Przedsiębiorca sam deklaruje kwotę podatku a organ skarbowy może ją potem weryfikować.
W sprawach celnych chodzi zaś przede wszystkim o to, aby towar jak najszybciej odprawić z granicy. Kolejne trzy lata to czas na kontrolę prawdziwości danych wskazanych przez importera. Gdy zachodzą jakieś okoliczności mające wpływ na wartość towaru, importer powinien o tym zawiadomić służby celne. Tak jest właśnie przy rabatach udzielonych po dokonaniu zgłoszenia towaru. NSA przypomniał, że podstawą ustalenia należności celnych jest stan towaru z dnia zgłoszenia. Chodzi o jego postać czy ilość, odróżniające go od innych produktów a nie o wartość, która może być później korygowana. Za wartość celną towaru uznaje się z kolei kwoty faktycznie zapłacone lub należne dostawcy. Nie można jej jednak uznać za ostateczną, jeśli organ celny w trakcie kontroli zakwestionował dokumenty złożone przez importera. W takiej sytuacji jest on wręcz zobligowany do ustalenia wartości w oparciu o przepisy prawa, zgodnie z zasadą swobodnej oceny dowodów. Analogicznie kwestię tę regulują przepisy międzynarodowe, w tym Kodeks celny UE.