Jak wywodził organ odwoławczy do pomocy publicznej przeznaczonej dla przedsiębiorców prowadzących zakłady pracy chronionej stosuje się uregulowania Unii Europejskiej dotyczące pomocy publicznej, w tym art. 87 Traktatu, określający definicję pomocy publicznej oraz odpowiednie rozporządzenia Komisji (WE). Do pomocy publicznej w rozumieniu wyżej powołanego przepisu, związanej z wydatkowaniem kwot uzyskanych przez pracodawców prowadzących zakłady pracy chronionej z tytułu zwolnień z podatków i opłat, wymienionych w art. 31 ust 1 powołanej ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, znajduje zastosowanie rozporządzenie Komisji (WE) Nr 1998/2006 z dnia 15 grudnia 2006 r. w sprawie stosowania art. 87 i 88 Traktatu do pomocy de minimis oraz rozporządzenie Ministra Pracy i Polityki Społecznej z dnia 19 grudnia 2007 r. w sprawie zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych (Dz. U. Nr 245, poz. 1810 ze zm.). W świetle art. 31 ust. 1 ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych prowadzący zakład pracy chronionej lub zakład aktywności zawodowej w stosunku do tego zakładu jest zwolniony z podatków, z zastrzeżeniem ust. 2, z tym że z podatków od nieruchomości, rolnego i leśnego na zasadach określonych w przepisach odrębnych.
W powyższych przepisach, jak wskazał organ odwoławczy, został określony katalog źródeł finansowania wydatków, katalog przeznaczenia środków zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych w ramach pomocy publicznej oraz pułap intensywności pomocy w tym zakresie. W świetle wyżej wskazanych przepisów pracodawca uzyskuje pomoc publiczną, a więc przysporzenie dopiero w momencie wydatkowania środków zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych na cele określone w rozporządzeniu. Zgodnie bowiem z art. 31 ust. 3 ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, środki uzyskane m.in. ze zwolnienia z podatku od nieruchomości, rolnego i leśnego przekazywane są w wysokości 10% kwoty zwolnienia na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych, a w 90 % na zakładowy fundusz osób niepełnosprawnych. W przypadku zaś, gdy ze środków zgromadzonych na koncie zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych sfinansowane są wydatki określone w rozporządzeniu Ministra Pracy i Polityki Społecznej z dnia 19 grudnia 2007 r. w sprawie zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych, to dopiero wtedy następuje przysporzenie korzyści na rzecz przedsiębiorcy. Toteż, tylko w takim zakresie, w jakim środki z tych zwolnień przeznaczone są na finansowanie wydatków wymienionych w § 2 powołanego rozporządzenia, można zakwalifikować je do pomocy de minimis, o której mowa w rozporządzeniu Komisji (WE) nr 1998/2006 z dnia 15 grudnia 2006 r. w sprawie stosowania art. 87 i 88 Traktatu do pomocy de minimis (do 31 grudnia 2006 r. rozporządzenia Komisji (WE) nr 69/2001).
W ocenie organu odwoławczego organ podatkowy pierwszej instancji (organ gminy) nie posiada uprawnień do skontrolowania, czy środki pochodzące ze zwolnienia podatkowego wpłynęły na konto wspomnianego Funduszu oraz zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych. Tym samym nie ma również możliwości ustalenia, czy wydatki określone w rozporządzeniu Ministra Pracy i Polityki Społecznej z dnia 19 grudnia 2007 r. w sprawie zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych są finansowane z zakładowego funduszu rehabilitacji.