Po rozpatrzeniu kolejnego odwołania Strony, Dyrektor Izby Skarbowej utrzymał w mocy powyższą decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej.
W związku z powyższym do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku wpłynęła skarga Skarżącego na ww. decyzję organu odwoławczego.
Rozpatrując skargę WSA w Białymstoku doszedł do przekonania, że jest ona zasadna.
Sąd I instancji stwierdził, że organy podatkowe pominęły ocenę prawną wyrażoną przez Sąd I instancji w wyroku z dnia 25 stycznia 2006 r.
Zdaniem Sądu, uzupełnione przez organ postępowanie dowodowe w żadnym stopniu nie spowodowało zmiany istotnych okoliczności faktycznych sprawy umożliwiających odstąpienie od oceny prawnej dokonanej przez Sąd. Sąd przypomniał, że we wcześniejszym wyroku stwierdził, iż w sytuacji, gdy sprzedawca wypełnił wszystkie warunki wymienione w przepisach art. 21 d ust. 1 pkt 1 i 2, art. 21 c ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, to ma on prawo do zastosowania 0 % stawki podatku VAT i nie można go obarczać konsekwencjami podatkowymi związanymi z ewentualnym działaniem innych osób, za które podatnik nie odpowiada. Jeżeli bowiem znajdujący się na dokumencie stempel spełniał wszystkie określone przepisami wymogi, to podatnik miał prawo być przekonanym o swoim uprawnieniu do zastosowania tej stawki. Takie też stanowisko, zdaniem Sądu, należy odnieść do pieczątek imiennych i podpisów funkcjonariuszy celnych.
Sąd nie zgodził się również z podniesionymi w zaskarżonej decyzji zarzutami niedochowania przez podatnika należytej staranności, nieznajomości przepisów dotyczących wzoru stempla potwierdzającego wywóz towarów poza granice RP oraz braku przeszkolenia osób dokonujących zwrotu podatku i braku elementarnej wiedzy na temat pieczęci potwierdzających wywóz towarów poza granice RP.
Sąd przede wszystkim wskazał, że w 2001 r. podatnik nie miał możliwości sprawdzenia prawidłowości i legalności potwierdzeń wywozu zakupionych przez podróżnych towarów. Gdy taką możliwość podatnik z dniem wejścia w życie 1.04.2004 r. nowej ustawy o podatku od towarów i usług uzyskał, wykazał on złożonymi na rozprawie w dniu 25.01.2006 r., sygn. akt I SA/Bk 377/05, kilkudziesięcioma dokumentami liczne i różne błędy popełnione przez pracowników urzędów celnych w zakresie nie wpisania dokumentów TAX FREE do rejestru R-30, błędnych dat na stemplach, braku stempli, braku podpisu funkcjonariusza celnego, wpisanie na dokumencie TAX FREE innego numeru niż figuruje w rejestrze R-30, wpisanie błędnego NIP, wpisanie innej daty wywozu towaru niż wywóz faktycznie nastąpił. Organ natomiast do tych dowodów nie ustosunkował się.
W ocenie Sądu, niezrozumiały jest postawiony podatnikowi zarzut, że skoro nie wiadomo jakie dokumenty TAX FREE zostały przesłane Policji Finansowej w Estonii, bowiem świadkowie wymieniają numery dokumentów, które nie figurują na liście 60 kwestionowanych dokumentów ani na liście 31 niekwestionowanych dokumentów, to znaczy, że Pan B. świadomie wystawiał dokumenty imienne i dokonywał sprzedaży towarów na rzecz osób, które nie dokonywały zakupów. Sąd wskazał, że w uzasadnieniu wyroku z dnia 25.01.2006 r. zwrócił uwagę na powyższy fakt zawarty w zeznaniach świadków jako na wadę postępowania dowodowego.