Obowiązkiem sądu uwzględniającego skargę na podstawie art. 145 par. 1 pkt 1 lit. "c" ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi - Dz.U. nr 153 poz. 1271 ze zm./ jest nie tylko wskazanie przepisu czy przepisów postępowania, którym organ administracji publicznej uchybił, ale również wykazanie prawdopodobieństwa oddziaływania naruszeń prawa procesowego na wynik sprawy administracyjnej.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Jacek Brolik, Sędzia NSA Edyta Anyżewska, Sędzia NSA Stanisław Bogucki (sprawozdawca), Protokolant Janusz Bielski, po rozpoznaniu w dniu 20 września 2007 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w P. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 21 lutego 2006 r. sygn. akt I SA/Po 58/04 w sprawie ze skargi Przedsiębiorstwa Produkcyjno-Usługowo-Handlowego "B." sp. z o. o. w P. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w P. z dnia 12 grudnia 2003 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Poznaniu, 2) zasądza od Przedsiębiorstwa Produkcyjno-Usługowo-Handlowego "B." sp. z o. o. w P. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w P. kwotę 1.061 (jeden tysiąc sześćdziesiąt jeden) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrokiem z dnia 21 lutego 2006 r., I SA/Po 58/04, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu - po rozpatrzeniu skargi Przedsiębiorstwa Produkcyjno-Usługowo-Handlowego "B." sp. z o.o. w P. /cyt. dalej: Spółka/ na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w P. z dnia 12 grudnia 2003 r., (...), w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych - uchylił zaskarżoną decyzję oraz utrzymaną nią w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego P.-G. z dnia 9 czerwca 2003 r., (...), zasądzając od Dyrektora IS w P. na rzecz Spółki kwotę 1.522 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego i zastępstwa procesowego, a także wstrzymując wykonanie zaskarżonych decyzji do chwili uprawomocnienia się wyroku.
2. Uzasadniając wyrok, WSA w Poznaniu podał, że we wniosku z dnia 12 maja 2003 r. skierowanym do organu I instancji, Spółka domagała się stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 8.050 zł.
W uzasadnieniu wniosku podniesiono, że w dniu 17 września 2002 r. zawarto umowę sprzedaży 3.220 udziałów, które skarżąca Spółka posiada w spółce z o.o. "B.-C." /poprzednia nazwa tej spółki: Przedsiębiorstwo "D." spółka z o.o./. W dniu 27 września 2002 r. Spółka uiściła podatek od czynności cywilnoprawnych od w.w. umowy. Do dnia zawarcia umowy sprzedaży Sąd Rejonowy nie dokonał rejestracji podwyższenia kapitału zakładowego Spółki "B.-C." /z kwoty 2.492.500 zł o kwotę 174.000 zł, tj. do kwoty 2.666.500 zł/ uchwałą o podwyższeniu kapitału zakładowego z dnia 30 kwietnia 2002 r., zgodnie z wnioskiem z 3 czerwca 2002 r. W tej sytuacji, zdaniem Spółki, stosownie do art. 16 ustawy z dnia 15 września 2000 r. Kodeks spółek handlowych - Dz.U. nr 94 poz. 1037 ze zm. /cyt. dalej: Ksh/ rozporządzenie udziałem przed zarejestrowaniem przez Sąd Rejestrowy jest nieważne i powoduje w myśl art. 58 par. 1 ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. Kodeks cywilny - Dz.U. nr 16 poz. 93 ze zm. /cyt. dalej: Kc/ nieważność ww. umowy sprzedaży udziałów.
3. Urząd Skarbowy P.-G. decyzją z dnia 9 czerwca 2003 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty, wskazując, że umowa sprzedaży udziałów z dnia 17 września 2002 r. nie jest nieważna. Dotyczy bowiem sprzedaży udziałów Spółki z wielkością udziałów mających pokrycie w zarejestrowanym kapitale zakładowym Spółki "B.-C.". Umowa sprzedaży udziałów z dnia 17 września 2002 r. zawarta została więc zgodnie z art. 57 Kc i art. 180 Ksh, a jej przedmiotem są prawa majątkowe zbywalne mające pokrycie w zarejestrowanym sądownie kapitale zakładowym Spółki "B.-C.".
4. Odwołując się od powyższej decyzji, Spółka zarzuciła zaskarżonej decyzji naruszenie art. 16 Ksh, art. 1 ust. 1 pkt 1a ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych /Dz.U. nr 86 poz. 959 ze zm./ i art. 72 par. 1 ust. 1, art. 122 i art. 187 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. 2005 nr 8 poz. 60 ze zm./, przez błędną interpretację i niewłaściwe zastosowanie, w szczególności z uwagi na to, że przepis art. 16 Ksh nie ma w sprawie zastosowania. Zdaniem strony, umowa sprzedaży udziałów zawarta w dniu 17 września 2002 r. jest bezwzględnie nieważna i uiszczona kwota tytułem podatku od czynności cywilnoprawnych winna zostać uznana za nadpłatę zgodnie z art. 72 par. 1 ust. 1 Ordynacji podatkowej.