Przepis art. 12 § 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej odnoszący się do zasady zachowania terminu, nie może mieć zastosowania w przypadku zaliczania nadpłaty na poczet zaległości podatkowych, gdyż ustawodawca w art. 76a § 2 pkt 2 Ordynacji podatkowej w ogóle nie posługuje się jakimkolwiek terminem dla dokonania określonej tu czynności.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Sławomir Presnarowicz (sprawozdawca), Sędzia NSA Stefan Babiarz, Sędzia NSA del. Jan Grzęda, Protokolant Justyna Nawrocka, po rozpoznaniu w dniu 6 maja 2014 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej N. [...] sp. z o. o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 2 marca 2012 r., sygn. akt III SA/Wa 1675/11 w sprawie ze skargi N. [...] sp. z o. o. z siedzibą w W. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 14 kwietnia 2011 r., nr [...] w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od N. [...] sp. z o. o. z siedzibą w W. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie kwotę 600 (sześćset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w sprawie o sygn. akt III SA/Wa 1675/11, oddalił skargę N. [...] Sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej: "Spółka") na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie (dalej: "Dyrektor IS") w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 r. Podstawą prawną powyższego orzeczenia był art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r., poz. 270, ze zm., dalej: "p.p.s.a.").
Z uzasadnienia wyroku WSA wynika, że postanowieniem z dnia 14 kwietnia 2011 r. Naczelnik Drugiego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w W. (dalej: "Naczelnik US") poinformował Spółkę o zaliczeniu wpłaty z dnia 27 grudnia 2010 r. w kwocie 101.879,00 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 r., w ten sposób, że kwotę 94.601,52 zł na należność główną i kwotę 7.277,48 zł na odsetki za zwłokę. Odsetki za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 r. naliczone zostały od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności tj. od 1 kwietnia 2010 r. do dnia wpłaty tj. do 27 grudnia 2010 r.
Na powyższe postanowienie Spółka złożyła zażalenie do Dyrektora IS wnosząc o uchylenie postanowienia Naczelnika US i orzeczenie o zaliczeniu kwoty 101.879,00 zł w całości na należność główną podatku dochodowego od osób prawnych za 2009 r.
Dyrektor IS postanowieniem z dnia 14 kwietnia 2011 r. utrzymał w mocy powyższe rozstrzygnięcie. Organ podatkowy uzasadniał, że przyjmuje się, iż przez "dzień złożenia" należy rozumieć dzień otrzymania wniosku lub deklaracji (zeznania) przez organ podatkowy, a nie - jak twierdzi Spółka w zażaleniu - dzień, w którym nadano przesyłkę w placówce pocztowej. Dyrektor IS nie podzielił stanowiska Spółki, że wykładnia art. 76a § 2 pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. 2005 r. Nr 8, poz. 60. ze zm., dalej: "o.p."), winna być dokonywana w związku z art. 12 § 6 pkt 2 o.p. i stwierdził, że w rozpatrywanych sprawach, za dzień złożenia deklaracji, z których wynikały zwroty podatku od towarów i usług, w świetle art. 76b o.p. należy uznać dzień, w którym deklaracje VAT-7 wpłynęły do organu podatkowego, a nie jak twierdzi Spółka, dzień nadania przesyłki na poczcie. W związku z powyższym stwierdził, że korekta deklaracji VAT-7 za październik 2010 r. oraz deklaracja VAT-7 za listopad 2010 r., w których Spółka wykazała zwroty podatku od towarów i usług i wniosła o ich zaliczenie na poczet zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2009 r. wpłynęły do Urzędu Skarbowego po terminie płatności podatku dochodowego od osób prawnych za 2009 r. odroczonym do dnia 27 grudnia 2010 r. Następnie podniósł, że wskutek niedotrzymania odroczonego terminu płatności podatku dochodowego od osób prawnych za 2009 r. wygasła w całości decyzja Naczelnika US z dnia 7 czerwca 2010 r., natomiast przedmiotowy podatek jako niezapłacony w ustawowym terminie płatności przekształcił się w zaległość podatkową (art. 51 § 1 o.p.), od której naliczone zostały odsetki za zwłokę od dnia następnego po dniu upływu terminu płatności podatku, tj. od 1 kwietnia 2010 r.