Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Tomasz Zborzyński, Sędzia NSA Grażyna Nasierowska, Sędzia WSA del. Cezary Koziński (sprawozdawca), protokolant Joanna Legieć, po rozpoznaniu w dniu 31 stycznia 2019 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "L." sp. z o.o. z siedzibą w J. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 22 września 2016 r. sygn. akt III SA/Wa 2060/15 w sprawie ze skargi "L." sp. z o.o. z siedzibą w J. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 9 czerwca 2015 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od "L." sp. z o.o. z siedzibą w J. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie kwotę 4 050 (słownie: cztery tysiące pięćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z 22 września 2016 r., sygn. akt III SA/Wa 2060/15, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę L. [...] Sp. z.o.o. z siedzibą w J. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 9 czerwca 2015 r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych.
Przedstawiając stan faktyczny sprawy Sąd pierwszej instancji podał, że wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty dotyczył podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 54.000 zł, pobranego od umów sprzedaży nieruchomości i przeniesienia praw własności nieruchomości, zawartych 8 stycznia 2009 r. w formie aktów notarialnych, na podstawie których spółka nabyła prawo własności trzech działek położonych w K., o powierzchni 0,1780 ha, 0,0859 ha i 0,0858 ha, sklasyfikowanych w ewidencji gruntów i budynków jako użytki rolne (zabudowane i niezabudowane). Działki te - zdaniem spółki - miały wejść w skład gospodarstwa rolnego, ponieważ w chwili zawarcia umowy spółka była jednocześnie właścicielem działki o pow. 1,1100 ha położonej w miejscowości B. (woj. małopolskie), sklasyfikowanej w ewidencji gruntów i budynków jako grunt orny, która nie była zajęta na prowadzenie działalności gospodarczej innej niż działalność rolnicza. Spółka powołała się na treść art. 9 pkt 2 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tekst jednolity: Dz.U. z 2010 r., Nr 101, poz. 649 ze zm.; dalej: u.p.c.c.) oraz art. 2 ust. 1 ustawy z dnia 15 listopada 1984 r. o podatku rolnym (tekst jednolity: Dz.U. z 2013 r., poz. 1381 ze zm.; dalej: u.p.r.). Podatnik wskazał, że grunt będący już jego własnością wraz z nabytymi gruntami, spełniały warunki do uznania ich za gospodarstwo rolne w rozumieniu ustawy o podatku rolnym.
Naczelnik Urzędu Skarbowego w P. decyzją z 27 lutego 2015 r. odmówił uwzględnienia wniosku strony. Zdaniem Naczelnika nabyte nieruchomości nie stanowiły gospodarstwa rolnego w rozumieniu ustawy o podatku rolnym, a w konsekwencji podatnik nie miał podstaw do zastosowania zwolnienia od podatku od czynności cywilnoprawnych z art. 9 pkt 2 lit. a u.p.c.c. Organ pierwszej instancji zauważył, że działkę położoną w miejscowości B. podatnik zaliczał w swoich deklaracjach na podatek od nieruchomości do gruntów związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej innej niż rolnicza, podobnie zresztą jak działki nabyte w K. Organ zauważył także, że podatnik nie prowadzi działalności rolniczej.
W odwołaniu spółka podniosła, że definicja gospodarstwa rolnego (art. 2 ust. 1 u.p.r.), ma charakter formalny i jest związana wyłącznie z powierzchnią gruntów i ich odpowiednim zakwalifikowaniem w ewidencji gruntów i budynków. W jej świetle nie ma znaczenia faktyczne prowadzenie gospodarstwa rolnego w ujęciu funkcjonalnym, rozumianym jako prowadzenie działalności rolniczej, uzyskiwanie z tego tytułu dochodów, czy też posiadanie stosownych środków produkcji to umożliwiających. Podatnik wyjaśnił dalej, że na działkach nabytych 8 stycznia 2009 r. wybudował pawilon handlowy, jednak prowadzenie tam działalności możliwe było dopiero po uzyskaniu pozwolenia na użytkowanie, co nastąpiło 21 września 2009 r.