Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Paweł Kornacki (spr.), del. Sędzia SO Dorota Kozłowska, Sędzia WSA Bożena Pindel, Protokolant Paulina Nowak, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 13 kwietnia 2015 r. sprawy ze skargi A Sp. z o.o. w likwidacji z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia [...] r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 1999 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję; 2) orzeka, że uchylona decyzja nie podlega wykonaniu w całości do czasu uprawomocnienia się wyroku; 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w K. na rzecz strony skarżącej kwotę 5 617 (pięć tysięcy sześćset siedemnaście) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.
1. Zaskarżoną decyzją z dnia [...] nr [...], Dyrektor Izby Skarbowej w K. (dalej: DIS) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w C. (dalej: NUS) z dnia [...] nr [...], określającą wobec A Spółki z o.o. w likwidacji z siedzibą w W. (obecnie skarżącej, dalej powoływanej także jako "spółka") wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r. w kwocie [...]zł.
2. Zaskarżona decyzja została wydana na gruncie następującego stanu sprawy.
2.1. [...] Urząd Skarbowy w C. przeprowadził wobec spółki kontrolę w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 1999 r. W toku kontroli stwierdzono nieprawidłowości, mające bezpośredni wpływ na ustalenie prawidłowej wysokości należnego podatku dochodowego.
W związku z powyższym, NUS w dniu [...] wydał decyzję, w której określił wobec spółki zobowiązanie podatkowe za 1999 r. w kwocie [...]zł, zaległość [...]zł. i odsetki od zaległości w kwocie [...]zł.
Spółka wniosła odwołanie. Organ odwoławczy decyzją z dnia [...] utrzymał w mocy decyzję organu I instancji.
Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie Ośrodek Zamiejscowy w K. wyrokiem z dnia 17 marca 2003 r., I SA/Ka 130/02 uchylił decyzję z dnia [...].
Następnie organ odwoławczy decyzją z dnia [...] uchylił w całości decyzję NUS z dnia [...] i przekazał temu organowi sprawę do ponownego rozpatrzenia.
2.2. Po ponownej analizie poszerzonego materiału dowodowego, w dniu [...] NUS wydał decyzję, w której określił zobowiązanie podatkowe w kwocie [...]zł.
Decyzja ta została utrzymana w mocy decyzją organu odwoławczego z dnia [...].
Ostatnie rozstrzygnięcie zostało zaskarżone do WSA w Gliwicach, który uchylił je wyrokiem z dnia 11 kwietnia 2005 r., I SA/Gl 284/04.
Z kolei decyzją z dnia [...] DIS uchylił decyzję NUS z dnia [...] i sprawę ponownie przekazał do rozpoznania organowi I instancji.
2.3. NUS w dniu [...] wydał decyzję określającą zobowiązanie podatkowe w kwocie [...]zł.
W dniu [...] DIS wydał decyzję uchylającą decyzję NUS i przekazującą sprawę do ponownego rozpoznania organowi I instancji. Od tej decyzji spółka wniosła skargę do WSA w Gliwicach.
2.4. W dniu [...] NUS wydał decyzję określającą spółce wysokość zobowiązania podatkowego w kwocie [...]zł.
2.5. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach wyrokiem z dnia 5 grudnia 2007 r., I SA/Gl 279/07 uchylił decyzję DIS z dnia [...].
Z kolei wyrok WSA w Gliwicach został uchylony wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 10 września 2009 r., II FSK 582/08, który przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia, stwierdzając, że w sprawie nie doszło do przedawnienia zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 1999 r., ponieważ uchylenie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, na podstawie której wystawiono tytuł wykonawczy, nie działa wstecz i nie unicestwia materialnego skutku w postaci przerwania biegu terminu przedawnienia. NSA wyraził także pogląd, że zobowiązanie podatkowe, które wygasło na skutek zapłaty nie może wygasnąć po raz drugi na skutek przedawnienia; dodał w tej mierze, iż nie ma przy tym znaczenia, czy zapłata podatku nastąpiła dobrowolnie, czy w wyniku egzekucji.